膜技术国家工程研究中心实行国家发改委、中国科学院领导下的主任负责制，依托大连化物所，建立从基础研究、小试应用研究、工程放大到产业推广平台（产业化公司）的全链条、贯通式科研组织体系，组织框架如下图所示。

  主任由大连化物所副所长 李先锋 研究员兼任，负责中心全面工作。

  科学技术委员会主任由中国科学院原党组成员、秘书长 邓麦村 研究员担任，委员由我国膜技术领域著名专家组成，负责对中心基本建设、学术技术方向、产业化项目等进行全面咨询和指导，负责协助中心主任开展相关工作。

  结合国家战略需求，以服务国家重大战略任务为目标，设置相对独立的研究单元，在承担大型项目时又能够紧密合作形成具有强大攻关能力的联合研究团队。积极设立分中心，并邀请成员单位，旨在加速解决行业共性关键问题、架起应用研究及小试成果跨向产业化的桥梁和纽带。